SEA Games 1995, tuyển Việt Nam gây bất ngờ lớn khi giành HC bạc và duyên nợ với Malaysia cũng bắt đầu được tính từ giải đấu này. Trong ngày khai mạc, tuyển Việt Nam đã đánh bại Malaysia - được đánh giá rất cao khi đó, bằng tỷ số 2-0 đầy thuyết phục. Nhiều chuyên gia sau đó đã cho rằng, trận thắng này có ý nghĩa rất quan trọng, giúp tuyển có được sự tự tin lớn lao trong bước đường hội nhập với bóng đá khu vực.
Hai năm sau, cũng ở trận khai mạc SEA Games, Malaysia đã đòi lại món nợ bằng trận thắng tuyển Việt Nam với tỷ số tối thiểu 1-0. Dù vậy, ở giải đấu này, tuyển Việt Nam vẫn qua mặt được Malaysia để lọt vào bán kết khi đội bóng này bất ngờ để thua tuyển Lào 0-1.
Tiger Cup 1998 là lần thứ 3 hai đội gặp nhau. Được chơi tại sân Hàng Đẫy, tuyển Việt Nam dưới triều đại HLV Riedl đã lần thứ hai vượt qua Malaysia bằng bàn thắng duy nhất của tiền vệ tài hoa Nguyễn Hồng Sơn. Ở giải này, Malaysia tiếp tục bị loại ngay từ vòng bảng.
Vòng bảng Tiger Cup 2000, lần đầu tiên tuyển Việt Nam và Malaysia gặp nhau mà không có bàn thắng nào được ghi. Cùng bị loại ở vòng bán kết, phải gặp nhau ở trận tranh vị trí thứ ba, Malaysia đã khép lại giải đấu đáng quên của tuyển Việt Nam bằng trận thắng đậm đà 3-0.
Một năm sau đó ở SEA Games 2001, U23 Việt Nam dưới sự dẫn dắt của HLV người Brazil – Dido, thi đấu bạc nhược và bị loại ngay ở vòng bảng. Malaysia đã thắng U23 Việt Nam 2-0 ở giải này.
Tiger Cup 2002, tuyển Việt Nam dưới tay HLV Calisto không nhận được nhiều sự kỳ vọng nhưng đã chơi đầy ấn tượng và lọt vào trận tranh giải ba với Malaysia. Trong trận đấu danh dự này, tuyển Việt Nam đã thắng bằng tỷ số 2-1.
Ở hai kỳ SEA Games gần đây nhất (2005, 2007), U23 Việt Nam tiếp tục gặp Malaysia và ở cả hai cuộc đối đầu này, phần thắng đều thuộc về Việt Nam với các tỷ số 2-1 (bán kết SEA Games 25), 3-1 (vòng bảng SEA Games 2007).
Ở vòng loại bảng B AFF Cup 2008, tuyển Việt Nam đã thắng Malaysia 3-2. Phạm Thành Lương, người mở tỷ số cho tuyển Việt Nam ở trận thắng kể trên hiện là đội trưởng U23 Việt Nam tại SEA Games 25.
Gần đây nhất, tại vòng bảng SEA Games 25, Việt Nam giành chiến thắng 3-1.
Thành tích đối đầu Việt Nam - Malaysia:
Tiger Cup 1998 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 1-0 (Hồng Sơn)
Tiger Cup 2000
Vòng bảng: Việt Nam – Malaysia: 0-0
Tranh vị trí thứ ba: Việt Nam – Malaysia: 0-3
Tiger Cup 2002 (tranh vị trí thứ ba): Việt Nam – Malaysia: 2-1
AFF Cup 2008 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 3-2
SEA Games 1995 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 2-0
SEA Games 1997 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 0-1
SEA Games 2001 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 0-2
SEA Games 2003 (bán kết): Việt Nam – Malaysia: 4-3
SEA Games 2005 (bán kết): Việt Nam – Malaysia: 2-1
SEA Games 2007 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 3-1
SEA Games 2009 (vòng bảng): Việt Nam – Malaysia: 3-1
...
Ngần ấy thành tích đâu phải để đón nhận cái này:
SEA Games 2009 (chung kết): Việt Nam – Malaysia: 0-1
